建造师注销注册单位不配合的情况下，可以采取以下步骤进行注销：
提交注销申请
登录各省一级建造师注册管理系统。
个人或企业根据要求填写《注销注册申请表》并保存。
个人申请后通知企业登录系统确认，企业上报成功后打印注销申请表并由负责人签字盖章。
提供必要材料
解除劳动关系的有效证明材料，如解聘证明、劳动仲裁裁决书或法院判决书。
执业资格证书、注册证书、执业印章。
若有《建造师证书使用情况说明》，也需提供。
法律途径
如果企业不配合，可向劳动仲裁部门申请劳动仲裁或向人民法院申请民事调解。
持仲裁裁决书或法院调解书向建设行政主管部门申请强制注销。
注销流程
相关部门在收到申请材料后5日内审查材料，符合条件的受理并出具受理通知书。
申请人可通过网上或窗口查询办理结果。
注销前的准备
查找注销前的注册轨迹，可在四库一平台（https://jzsc.mohurd.gov.cn/home）查询。
注销后，可通过中国建造师网公众号查询注册轨迹。
请确保按照正确的流程和要求准备材料，并关注相关官方网站或公众号获取最新信息。
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