如果公司扣除了建造师证，以下是一些建议的解决步骤：
与公司协商
首先，尝试与公司进行协商，明确提出公司扣押建造师证是违法行为，并要求公司归还证书。如果公司拒绝归还，可以要求公司提供相应的补偿或解决方案。
申请劳动仲裁
如果协商无果，可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，需要提供相关证据，如劳动合同、证书等，以证明公司扣押证书的事实。
向劳动监察部门投诉
可以向当地的劳动监察部门投诉，说明公司扣押建造师证的情况，并要求其介入调查并责令公司归还证书。劳动监察部门会根据相关法律法规进行调查处理。
提起诉讼
如果劳动仲裁未能解决问题，可以向法院提起诉讼，要求公司归还建造师证并赔偿相关损失。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明公司扣押证书的行为违法。
寻求法律援助
如果自己处理起来较为困难，可以寻求律师或法律援助机构的帮助，获取专业的法律建议和代理服务。
补办证书
如果证书已经被注册到公司，可以考虑先到发证机构申请补办新的证书，同时注销原有的证书。在补办过程中，需要说明原证书被扣押的原因。
在采取上述措施时，建议根据个人实际情况、证据充分性以及时间成本等因素，选择最适合自己的途径。同时，保持冷静和理性，避免采取过激行为，以免影响自己的合法权益。
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